وظیفه این واحد استریلیزاسیون کلیه وسایل بخش‌ها و اتاق‌های عمل است. این کار توسط دو عدد دستگاه ۶۰۰ لیتری اتوکلاو انجام می‌پذیرد. این اتوکلاوها تمام اتوماتیک بوده و مطابق با استانداردهای دانشکده پزشکی هستند. کلیه وسایل و ابرازی که مقاوم به حرارت هستند روزانه در چندین سیکل استریل شده و آماده استفاده در بیمارستان می‌شوند. روزانه تستهای مخصوصی جهت عملکرد صحیح دستگاه‌ها انجام می‌شود. تمامی ست‌هایی که جهت جراحی و یا دندان‌پزشکی استفاده می‌شوند بعد از تحویل به CSSD ابتدا کاملاً شسته سپس با محلول‌های مخصوص ضدعفونی و در آخر بسته‌بندی شده و در دستگاه‌های اتوکلاو با دمای ۱۳۵ درجه جهت استریل شدن و از بین رفتن کلیه میکروارگانیسم‌های موجود بر روی ستها،‌ اعم از ویروس HIV، هپاتیت و سل قرار میگیرند. شایان ذکراست که این بخش به صورت ۲۴ساعته فعالیت می‌کند.